De familia italiana, nació en Zaragoza (España) en 1737. Ingresó a la comunidad jesuita y empezó a trabajar en los apostolados de su Comunidad, especialmente en enseñar catecismo a los niños y a los presos. En 1767 la masonería mundial estableció un acuerdo para pedir a todos los gobernantes que expulsaran de sus países a los padres Jesuitas. El rey Carlos III de España obedeció las órdenes masónicas y expulsó de territorio español y de sus colonias respectivas a todos los jesuitas. El Padre José Pignatelli y su hermano por pertenecer a una familia aristocrática recibieron la oferta de poder quedarse en España pero con la condición de renunciar a su vocación jesuita; los hermanos no aceptaron y prefirieron el destierro en la Isla de Córcega. Sin embargo, los franceses invadieron la isla, y ambos también fueron expulsados del lugar. En 1774 Clemente XIV por petición de los reyes españoles emitió un decreto suprimiendo la Compañía de Jesús; como resultado del decreto, aproximadamente 23 mil jesuitas fueron obligados a abandonar sus respectivos conventos y monasterios. San José Pignatelli junto con sus demás compañeros obedecieron humildemente y durante los 20 años siguientes soportaron pacientemente sufrimientos y humillaciones. Más adelante, el santo con permiso del Papa Pío VI se afilió a los jesuitas que estaban en Rusia y con la ayuda de ellos empezó a organizar a los jesuitas en Italia. Conseguía vocaciones y mandaba los novicios a Rusia para su formación y preparación. El jefe de los jesuitas de Rusia lo nombró provincial de la comunidad en Italia, y el Papa Pío VII aprobó ese nombramiento. Así la comunidad empezaba a renacer otra vez, aunque fuera a paso lento y en secreto. El santo oraba y trabajaba sin descanso por conseguir que su Comunidad volviera a renacer, y en 1804 logró con gran alegría que en el reino de Nápoles fuera restablecida la congregación. Al poco tiempo y con las generosas ayudas que le enviaban sus familiares logró restablecer conventos jesuitas en Roma, en Palermo, en Orvieto y en Cerdeña. A pocos meses de conseguir la aprobación Pontificia y así restablecer la Compañía de Jesús, el Padre José falleció en 1811. Tres años después, libre del destierro de Napoleón, el Papa Pío XI retorna a roma y decretó instituida la Compañía de Jesús en el mundo.
