Con la ayuda de Mons. Ceferino González, la santa y su hermana Dolores fundan el Instituto de Adoradoras del Santísimo Sacramento e Hijas de María Inmaculada, pero al poco tiempo se traslada junto con otras 16 religiosas a Madrid, donde se les concede la aprobación diocesana en 1877, y 10 años más tarde, el Papa León XIII apruebla la Congregación con el nombre de Esclavas del Sagrado Corazón de Jesús.
Pronto se multiplicaron las fundaciones de nuevas casas: obras de apostolado y adoración reparadora. En la base de todo estaba la altísima y continua oración, que la M. Rafaela vivía e infundia en sus hijas, y sus heroicas virtudes, sobre todo la profundísima humildad, tanto que alguien llamó a la Madre "la humildad hecha carne".
Sin embargo, surgen pronto las desconfianzas, las incomprensiones, el arrinconamiento, el largo y absoluto olvido; graves dificultades que surgieron en el gobierno, la movieron a renunciar a favor de su hermana Dolores. Durante 30 años permaneció en el aislamiento, realizando duros trabajos y sufriendo pacientemente terribles humillaciones.
El Año Santo 1925 falleció, en 1952 fue beatificada y el 23 de enero de 1977 la canonizaron.
